ビューポートでwidthにdevice-widthもしくは相当の数字(320)を設定すると、「ホーム画面に追加」した際に、iPhone5だとフルスクリーンにならずに互換モード表示になります。
<meta name="viewport" content="width=device-width, ..." />
width指定は使わないようにしましょう。
widthはウェブページのレンダリング幅の指定なので、initial-scale=1にしておけば、100%=320pxになります。
例えば以下のように指定するとiPhone5でもフルスクリーンになります。
<meta name="viewport" content="initial-scale=1, ..." />
http://www.mobilexweb.com/blog/iphone-5-ios-6-html5-developers
追記:
iOS 7ではwidth=device-widthを指定しても、フルスクリーンになりました。